12岁男生自慰通常属于正常表现，如果只是偶尔自慰，通常并不会对身体产生明显的影响。若频繁自慰，可能会影响到生殖系统的发育。
偶尔自慰并不会对身体产生比较明显的影响，但若自慰的次数频繁，可能会影响生活，如睡眠质量、学习教育和社会交往。部分12岁男生可能会将手淫当作减压的手段，12岁男生正处在身体发育的快速时期，如果有过度手淫的情况，不仅会影响到正常的学习，也有可能会影响到生殖器的发育，需要对手淫的行为进行适当引导，或者培养兴趣爱好，能帮助转移注意力。
12岁男生自慰的时候，通常会用手或者其他的东西触摸自己的生殖器，可能是因为12岁的男生即将进入青春期，在探索身体的时候，碰巧摸到自己的某个区域，感到比其他部位舒服、愉快，会再次有意识地去触摸。在青春期性发育之后，自慰次数可能会增加，会伴随有性幻想和射精。如果父母发现男生存在这种行为，需要及时地给予纠正和引导，但尽量不要过度训斥或者是苛责，使男生产生羞愧的心理，影响日后的性心理发育。