胃底黏膜的光镜结构大体上分为三层，分别是胃黏膜上皮层、胃底黏膜固有层、胃底黏膜黏膜肌层。上皮层是胃黏膜表面最浅层的结构，直接接触胃腔内的食物，黏膜肌层是最靠近黏膜下层的结构，固有层处于上皮层和黏膜肌层两层之间。
1、胃底黏膜上皮层：主要由排列整齐的单纯柱状上皮细胞构成，可见胃小凹结构，胃小凹腺体可分泌黏液蛋白，具有润滑胃黏膜的作用，并防止胃酸以及其他刺激性因子对胃黏膜造成损害。萎缩性胃炎、糜烂性胃炎患者，光镜下可能看到胃底黏膜上皮层变薄，血管网透见；
2、胃底黏膜固有层：光镜下可观察到固有层主要由较厚的结缔组织构成，内部含有疏松的腺体，比如贲门腺体、胃底腺等。腺体排列较规则，可分泌胃酸、胃蛋白酶等物质，对胃内食物的消化、吸收具有促进作用。萎缩性胃炎、糜烂性胃炎的患者，光镜下可能会观察到胃部腺体数量减少，结构紊乱；
3、胃底黏膜黏膜肌层：主要由薄层平滑肌细胞构成，内层为环形肌，外层为纵行肌，平滑肌收缩有利于胃腺体内分泌物的排出，并可维持胃的蠕动功能。