女性有宫颈纳氏囊肿，绝大多数情况下是子宫颈的生理性变化，无需特殊处理，少数情况下为病理性变化，如炎症刺激引起，可进行药物、物理治疗。
1、生理性变化：主要由于子宫颈转化区内新生长的鳞状上皮，伸入腺管，或者掩盖宫颈腺管口，将腺管口阻塞而形成囊肿，类似于皮肤毛囊腺体堵塞，形成皮下疖，一般不用进行特殊处理；
2、病理性变化：子宫颈慢性炎症刺激，以及局部损伤刺激，使腺管口狭窄，导致子宫颈腺体囊肿形成。对此主要进行消炎处理，可局部用药消炎治疗，如遵医嘱使用保妇康栓剂，或进行物理治疗，如激光、电灼等处理。
对于有性生活的女性，需常规、定期进行子宫颈癌筛查，一般建议25岁及以上有性生活的女性，常规进行宫颈细胞+病毒联合筛查，即TCT+HPV检测，宫颈癌筛查是预防宫颈癌发生的有效手段。因此妇科检查时，若医生告知有宫颈纳氏囊肿、宫颈肥大等情况，通常不用过于担心，定期进行宫颈癌筛查即可。