从病情轻重而言，手足口病、水痘属于两种疾病，一般没有可比性，无法区分哪个更严重。两种疾病都是病毒感染引起的传染性疾病，大多数患者属于轻症病例，具有一定的自限性，不经治疗，水痘大概10天痊愈，手足口病大概7天痊愈。
1、手足口病：是由柯萨奇病毒A组16型、肠道病毒71型等肠道病毒引起的急性传染病，主要通过消化道、呼吸道和密切接触传播，一年四季都可发病，以夏、秋季节最多。多发生于学龄前儿童，尤其以3岁以下的儿童为主，典型表现为手、足、口腔等部位皮肤和黏膜的皮疹、疱疹、溃疡等，部分肠道病毒71型感染者可引起无菌性脑膜炎、脑干脑炎、脑脊髓炎、神经源性肺水肿、心肌炎、循环障碍等严重并发症，甚至导致死亡，或可能会遗留智力低下、癫痫、精神异常、肢体无力、肌肉萎缩等神经系统后遗症，可用手足口病疫苗预防感染；
2、水痘：是由水痘-带状疱疹病毒感染引起的疾病，多见于儿童，表现为全身同时出现丘疹、水疱及结痂。水痘患者是唯一的传染源，病毒存在于上呼吸道黏膜和疱疹液中，发病前1-2天至皮疹完全结痂为止均有传染性，婴幼儿常无症状或症状轻微，可有低热、烦躁、易激惹或拒乳，同时出现皮疹，年长儿童和成人可有畏寒、低热、头痛、乏力、咽痛、咳嗽﹑恶心、食欲减退等症状，持续1-2天后才出现皮疹，1-2天后疱疹从中心开始干枯、结痂、红晕消失，1周左右痂皮脱落愈合，一般不留瘢痕。除了上述典型水痘外，还有疱疹内出血的出血性水痘，病情极严重，此型全身症状重，皮肤和黏膜有瘀点及瘀斑、内脏出血等，可因继发细菌感染导致坏疽性水痘，皮肤大片坏死，可因脓毒症而死亡，可用水痘疫苗预防该疾病。
两种疾病均属于常见的疾病，且都会出现皮疹、疱疹等皮肤症状，需要根据血清学检查、病原学检查等明确诊断，同时注意防护、隔离，避免出现传染。