恩替卡韦能够阻止乙型肝炎病毒在患者体内的复制，是抗乙肝病毒的一线药物，常用于慢性乙肝患者的抗病毒治疗，长期服用恩替卡韦不良反应的发生率比较低，安全性比较好，对身体的危害较小，所以恩替卡韦可以长期服用。
恩替卡韦可能引起的不良反应，主要包括头痛、头昏、失眠、高血糖、脂肪酶及淀粉酶升高、乳酸性酸中毒、血红蛋白和血小板下降，以及腹痛、恶心、呕吐、腹泻、转氨酶升高、脂肪变性、肝肿大、肌痛、肌无力、肌萎缩。此外常见风疹，多为轻度到中度，其他还有疲劳和周围神经损伤的个案报道。
上述不良反应在临床上的发生率均比较低，患者不必过于担心，遵医嘱用药并定期到医院复诊即可。如果有乳酸性酸中毒的症状表现，如恶心、呕吐、腹痛、头晕、烦躁、气促、呼吸加快深大等症状，需及时到医院就诊。如果患者有肾功能不全，需要根据肌酐清除率减量使用；如果患者本身有乳酸性酸中毒，应尽量避免使用，可选用其它的抗乙肝病毒药物治疗。