益母草的主要禁忌是阴虚、气血不足、尿频、遗精等人群忌服，而益母草并没有与其相克的药物。使用益母草治疗疾病时，需要在医生辨证论治下使用。
益母草性味辛、苦，微寒，对人体无毒副作用，归心包经、肝经、膀胱经，具有活血调经、利尿消肿、清热解毒的作用。因为益母草性善走散，能够活血祛瘀而通经络，所以具有较强的祛瘀生新作用。正因为益母草具有较好的活血化瘀作用，所以对于阴虚、气血不足的人群不适宜服用，服用后会将本来就虚少的阴液、气血消散得更少，导致阴液不足、气虚血少更加严重的情况，产生疲倦乏力、面色苍白、口舌干燥、皮肤干燥、便秘等阴虚血少的表现。益母草性滑而利，即能够利水消肿而治疗身体浮肿、小便困难等病症，而尿频、遗精的人群服用后会加重滑利的表现，使尿频、遗精更加严重，故不适合服用。此外，孕妇需要慎用益母草，以免导致流产等情况，以及对益母草过敏的人群需要避免使用，以免出现瘙痒、皮疹等过敏反应。
益母草虽然没有相克的药物，但是在使用过程中应注意避免大量和过久服用，避免出现损伤阴液和气血的情况。