第三脑室位于间脑内，是在间脑内中线上狭长的窄腔，由顶、后壁、外侧壁、前壁和底构成。第三脑室的作用主要是连接侧脑室和第四脑室，使脑脊液的循环保持通畅。
脑室是脑内的腔隙，其中充满脑脊液。正常人脑有四个脑室，第三脑室位于间脑内，侧脑室下方。第三脑室形状多不规则，它的外侧壁上部为背侧丘脑的前2/3，下部前方为下丘脑，后方为底丘脑。第三脑室的前界为终板和前连合，后界为松果体、后连合和中脑导水管上口。 除第三脑室外，人脑还有侧脑室，左右各一，分别位于左、右侧大脑半球内。第四脑室位于延髓、脑桥和小脑之间。
当第三脑室发生病变的时候，会引起脑脊液循环障碍，造成梗阻性脑积水。如果病变比较严重，则可能会导致患者产生高颅压和脑疝，需要紧急抢救治疗，通常需要脱水降颅压，如给予甘露醇，另外可能还需要手术治疗，治疗原发疾病，避免引发生命危险。