灵芝发霉后，即使清洗干净后也不能食用。因为当灵芝发霉后，说明已经变质，即使清洗干净也无法去除灵芝里面的毒素。此时细菌、真菌等病原微生物会侵袭进入灵芝内，会导致灵芝中含有的灵芝多糖等有效成分受损，即使进食也无法发挥出原有的药效。
此外，发霉的灵芝中，还可能含有黄曲霉等有害病菌，当病原菌被人体食用进入胃肠道后，可能会影响胃肠道的正常菌群，引起肠道菌群紊乱，从而可能使人体出现恶心、呕吐、腹泻等胃肠道不适反应。当出现不适症状后，应及时就医，以免耽误病情。
灵芝是一种名贵的中药材，其性平，味甘，归心、肺、肝、肾经，具有补气安神、止咳平喘的作用，常用于治疗心慌失眠、肺虚咳喘、虚劳短气、不思饮食等症状。如果购买灵芝后，建议晒干后密封储存，并且放在低温、干燥的地方。