对人体有益而无害的活菌被称为益生菌，益生菌不建议长期服用，如果有必须服用的需求，要在医生的指导下定期合理更换益生菌的种类。
人体中含有大量细菌，包括有益菌、有害菌等，当由于各种原因导致肠道中的菌群失衡，有害菌增多，对肠道及免疫力造成危害，可以服用一些益生菌以恢复肠道菌群平衡，但是要注意科学合理的使用益生菌，人体的菌群一般需要保持在一个平衡状态，益生菌并不是补充越多越好，过度的补充益生菌可能会适得其反，扰乱肠道环境。
另外，益生菌在提纯加工成可出售的益生菌成品时，会添加防腐剂、添加剂、稳定剂等各种物质，这些成分长期摄入，可能会对人体造成伤害。所以建议在医生的指导下，合理并适量的使用益生菌，待病情好转后，可通过饮食调节来保证肠道菌群平衡、稳定，注意饮食清淡以及饮食卫生，尽量不到外面不卫生的小餐馆用餐，肉类食物完全做熟之后再食用，以免出现细菌感染。