冷冻的西红柿经过解冻后，会破坏番茄的细胞组织结构，导致水分流失变蔫，口感与新鲜西红柿比也会比较差。所以冷冻的西红柿解冻后如果没有发生变质，通常对人体没有危害，可以继续食用，如果变质后继续食用，可能会对人体有害。
一般并不推荐将西红柿冷冻。因为西红柿经过低温冷冻后，由于冷冻、解冻和温度波动引起的冰晶生长和重结晶，会导致西红柿呈水泡状，西红柿出现软烂、散裂现象。如果解冻后西红柿已经变质，可能会产生有害物质，如表面有黑斑，且煮不烂、无鲜味，可能导致维生素、番茄红素等营养素流失、品质下降，严重的还会腐烂，继续食用会导致呕吐、腹泻等不良症状，应该及时丢弃处理。
西红柿更适合新鲜的时候生吃或者炒熟，生吃可以较大程度地保留维生素C，熟食则有利于β胡萝卜素和番茄红素的吸收。