膝盖半月板损伤三个月了还是疼，可能是未完全恢复、功能锻炼不足、退行性改变、存在炎症导致，要根据具体情况进行分析。
1、未完全恢复：如果是年老体弱的人群，或者是自身免疫力较差的人群，自身的新陈代谢较为缓慢，可能会导致半月板损伤愈合时间延长，出现3个月还没好的情况，由于局部没有愈合好，可能会引起疼痛的现象。患者要注意多休息，避免剧烈活动，防止牵拉到损伤部位，同时可进行适当按摩、推拿等，促进血液循环，帮助恢复。另外，如果半月板损伤的患者合并有韧带损伤，韧带的恢复也需要一段时间，在其未完全恢复之前，也可能会出现疼痛感。应注意局部制动，避免经常活动造成韧带进一步损伤，还可以遵医嘱应用布洛芬片、塞来昔布胶囊等药物进行治疗。
2、功能锻炼不足：如果患者在半月板损伤恢复后功能锻炼不足，导致膝关节周围肌肉失用性萎缩，活动时也可能会出现疼痛的现象。患者需要配合医生功能锻炼，促进膝关节功能恢复，但要注意不可训练过猛，防止加重损伤。
3、退行性改变：如果局部出现退化性改变，可能与年龄增长或劳损有关，可能会使半月板长时间处于压迫状态，长时间负重活动时被反复挤压、摩擦，导致半月板表面水肿或磨损，此时也可能会出现上述现象。建议患者多注意休息，避免过度使用关节，疼痛严重时可遵医嘱应用对乙酰氨基酚片、尼美舒利片等治疗。另外，要减少膝关节过度负重，如尽量避免下蹲、爬山、上下楼梯等。
4、存在炎症：膝盖半月板损伤后，如果患者在早期进行剧烈活动，可能会发生炎症反应，如出现关节滑膜炎症、骨髓炎等，进而出现疼痛症状，同时会伴有红肿等情况。可以在医生指导下应用非甾体类抗炎药物，如布洛芬胶囊、对乙酰氨基酚片等治疗。
出现上述现象后，如果持续不缓解，建议患者及时去医院的骨科就诊，完善骨X线检查等，以明确具体情况，并积极进行治疗。局部损伤康复后，要注意保护患肢，防止再次受伤。