患者应用氯己定漱口水后，通常不需要用清水进行漱口，或间隔较长的时间后再进行清水漱口。建议患者在应用漱口液漱口前先用清水进行漱口，或者刷牙后再进行漱口液的漱口。
氯己定漱口水主要起到消炎、抑菌的作用，可以用于牙龈出血、牙周肿痛、口腔溃疡等情况，属于一种辅助治疗的药物。患者在应用氯己定漱口水后，口腔内会存在少量的氯己定漱口水，可以持续的抑制口腔细菌生长、抑制菌斑形成，达到维护良好口腔环境的作用。此外，氯己定漱口水具有淡淡甜味，可以起到清新口气的作用。
患者使用氯己定漱口水进行漱口时，建议漱口时间在3-5分钟，尽量使漱口液清洁到各个牙面及牙缝隙，到达充分分解细菌、牙菌斑的作用，可以起到治疗效果。氯己定漱口水需要间隔应用，若长期使用可能造成口腔内的菌群失调、牙齿着色、味觉改变等症状。此外，氯己定漱口水不能进行吞服，也不能接触眼睛等敏感器官。