通常咪喹莫特乳膏不可以长期使用。因为长期使用可能会造成皮肤炎症等不良反应，如果在使用该药后出现不适症状，需要及时到医院进行检查治疗。
咪喹莫特乳膏是通过免疫抑制治疗尖锐湿疣，尤其是外生殖器和肛周尖锐湿疣，被广泛应用于临床。尖锐湿疣是一种病毒性疾病，主要由人乳头瘤病毒感染引起。如果疣体不是很大且单发，大多数情况下可以在医生的指导下使用咪喹莫特乳膏进行治疗。但是咪喹莫特乳膏不能长期使用，药物说明书上也指出，用药时间最长不得超过16周。大多数患者使用咪喹莫特乳膏治疗期间没有任何不良反应，用药次数增加后，可能会出现轻中度的皮肤炎症，如红斑水肿、糜烂溃疡、脱屑以及灼烧疼痛等。如果反应轻微，可以继续用药；若反应比较严重，需要停止用药，并及时就诊治疗。
此外，每周建议使用3次，临睡前使用，建议在医生指导下合理使用，可以达到较好的疗效。用药前后要洗手，避免过量使用药物。涂抹药物6-10小时内不要洗澡，6-10小时后可以用水和中性肥皂冲洗疣体。对该药膏成分过敏的人群，应禁止使用。