牡蛎在医生指导下正常使用，一般没有副作用，若本身存在脾胃虚寒或排汗、排尿不畅，应慎用，以免加重病情。药材的使用应谨慎，建议患者在出现不适症状后，建议及时前往正规医院就诊。由中医师望闻问切后辨证施治，不宜擅自用药。
牡蛎味咸，性微寒，有潜阳补阴、重镇安神、软坚散结、收敛固涩、制酸止痛的作用。因其咸寒质重，入肝经，有平肝潜阳之功，并能益阴，多用于治疗阴虚阳亢、眩晕耳鸣之症。另外，牡蛎有重镇安神之功，也可用于治疗心神不安、惊悸怔忡、失眠多梦等症。不过因其性质偏寒，本身存在脾胃虚寒的患者，服用牡蛎，可能会诱发或加重脘腹冷痛、腹泻、手足厥冷等症状。因此，脾胃虚寒的患者禁忌服用牡蛎。
另外，牡蛎经煅法炮制后称为煅牡蛎，能起到收敛固涩的功效，可用于多种滑脱不禁之证，如自汗、盗汗、尿频、遗尿、崩漏、带下等。若患者汗出不畅或小便不利，则不宜再使用该药，以免加重症状，使汗液或尿液等更难排出体外。