抗核抗体阳性1：1000是否能转阴，取决于造成抗核抗体阳性的抗原成分，有一些抗原成分导致的抗体可以转阴，但大部分不能转阴。例如在抗ENA抗体和抗dsDNA抗体中均没有发现阳性，只有抗核抗体阳性1：1000，这种情况下转阴的机会比较小。一般情况下，不用去追求抗核抗体是否转阴，只要观察疾病的活动度，使病情得到有效控制即可。
抗核抗体阳性对于较多疾病存在初筛的意义，例如系统性红斑狼疮、混合型结缔组织病、类风湿关节炎、干燥综合征以及系统性硬皮病等。但并非抗核抗体阳性1：1000就可直接诊断为上述疾病，需结合抗核抗体谱、红细胞沉降速度、血常规等检查，以及患者的临床表现等，进行综合判断。另外，当上述疾病治愈后，抗核抗体阳性1：1000也可能不会马上转阴，因为疾病对机体系统造成的损伤不可逆。
若在检查时出现抗核抗体阳性1：1000的现象，应前往风湿免疫科就诊，在专业的医生指导下进行治疗，避免危害机体健康。