并非所有脂肪酸均对人体有害，但是由于在目前的饮食习惯下，脂肪酸的实际供应大于需求，所以显得害处较多。脂肪酸对人体的危害，主要是诱发高脂血症、糖尿病与高血压，还可能会影响生育等。
1、诱发高脂血症、糖尿病与高血压：过度的摄入脂肪酸会导致高脂血症，而高脂血症会导致血液循环不畅，甚至发生动脉粥样硬化性疾病，如冠心病、脑血栓形成、脑出血，也可以导致外周动脉性疾病，如颈动脉狭窄以及肾动脉硬化导致的肾脏缺血、肾功能不全等。此外，当脂肪酸摄入过多可能会导致内脏脂肪增加较多，在体表上表现为腹部肥胖，而机体肥胖是高血压、糖尿病等疾病的常见诱发因素；
2、影响生育：当患者体内的脂肪酸摄入过多时，可能会引起雄性激素减少，精子产生受阻，因此可能会对生育造成影响；
3、其他危害：当患者的脂肪酸摄入过多时，可能会增加老年痴呆症的发病几率。
体内脂肪酸较多的人群，可能需要通过注射针剂以及抽脂手术治疗，但是在治疗的过程当中要注意，不要因为担心血脂的升高就杜绝摄入脂肪，否则会导致营养不良。脂肪酸是人体不可缺少的物质，因为它是能量供应的来源，也是细 胞膜构成的成分，可以参与较多激素的代谢，并且是脂溶性维生素的载体，因此不能只看脂肪酸的危害，而不看益处。