月经第6天是否可以做阴道超声，需根据女性的月经是否已经完全干净而定。通常建议女性做阴道超声的时间，是在月经干净后的2-3天，但由于每个人的经期天数不同，因此能否进行阴道超声的情况也不同。
正常女性的经期为3-7天，因此在第6天，有些女性可能还处于月经期，如果月经还未完全干净，哪怕只有少量出血，也建议女性暂时不要进行阴道超声。在月经还未干净时，阴道内存在血迹，可能增加生殖道感染的风险，而进行阴道超声，是将超声探头放入到阴道内，可能增加细菌和病原微生物进入到女性阴道的可能。血液是非常好的培养基，血液还未完全干净，便可能引起进入到阴道内的细菌大量繁殖，导致女性发生阴道炎，甚至盆腔感染。
如果女性平时经期较短，3-4天便干净，在第6天便已经达到月经干净2-3天，此时宫腔和阴道的出血已经完全停止，可进行阴道超声检查。如果需观察女性的子宫内膜是否存在息肉，建议最好是在月经刚干净时进行，此时子宫内膜较薄，宫腔内回声可以看得较为清楚。如果在月经前进行经阴道超声，子宫内膜较厚，较小的息肉可能隐藏在增厚的子宫内膜中，而不容易被发现。
需注意有些特殊情况的女性，可以在阴道出血未完全干净时做超声，比如女性出现阴道大出血或宫外孕等情况，此时建议在任何时候都要立即进行超声检查，可以在阴道探头上套无菌隔离套，以减少生殖道感染的风险。