桉柠蒎肠溶软胶囊属于天然植物成分的药物，副作用相对于其他西药较少，但是也有少数患者可能会出现一些胃肠道的不适症状。如果症状不严重可以继续服用该药物，疗程结束停药之后，药物引起的拉肚子症状就会逐渐缓解。如果症状严重，则建议在医生指导下换用其他的祛痰药物，比如口服盐酸氨溴索或者雾化吸入，或乙酰半胱氨酸胶囊等药物，来进行祛痰治疗，同时使用一些止泻药物进行治疗，如复方黄连素片、蒙脱石散等。
桉柠蒎肠溶软胶囊可以用于慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病、急性呼吸道感染导致的咳痰症状。另外，对于其他肺部感染或肺部疾病引起的呼吸道分泌物增多，都有比较好的治疗作用。桉柠蒎肠溶软胶囊只能起到改善症状的作用，对于呼吸道感染等情况还是要同时针对病因进行治疗。