囊胚冷冻是随着试管婴儿成熟和发展而开发出的技术，国内外大多数囊胚冷冻是采用玻璃化冷冻技术，成熟度较高，通常不会对胚胎质量造成很大影响。
囊胚冷冻主要是通过高浓度的冷冻保护剂使囊胚细胞脱水，在快速降温过程中使细胞内水分子由液相直接转变为固态玻璃相，以避免冷冻过程中出现冰晶而造成细胞损伤。通常在囊胚采用玻璃化冷冻技术冷冻后，复苏存活率多数较高，并且在解冻后质量并无明显下降，只有极少数胚胎在解冻后会出现死亡，通常由于胚胎本身质量存在问题所致。只要选择医院的囊胚冷冻技术成熟，囊胚冷冻后移植成功率多不会受到明显影响。在做试管婴儿时某些情况下，如取卵较多、存在卵巢过度刺激风险、子宫内膜条件不佳，或因出血、感冒、发烧等意外情况，不能移植新鲜囊胚时，则需要考虑进行囊胚冷冻，等待时机后再做复苏进行移植。
囊胚冷冻可以将胚胎保持较长时间的保存，临床上应用效果较好，患者通常不必过于担心，以免产生焦虑心理。通常在准备冷冻胚胎移植前、后都需要进行相应体检，以免影响胚胎正常发育。