通常情况下，在医生的指导下应用复方玄驹胶囊一般没有副作用，但是药物通常不可以长期吃，如果长期服用可能会导致患者出现不良反应，此外，患者在服用药物时要严格按照医嘱。
复方玄驹胶囊是由黑蚂蚁、淫羊藿、枸杞子、蛇床子等成分组成的中成药，具有温肾、壮阳、益精、祛风湿的功效。临床常用于治疗肾阳虚所导致的神疲乏力、精神不振、腰膝酸软、精冷滑泻、发凉、勃起功能障碍等症状，同时对于肾阳不足、风湿痹阻所引起的关节疼痛、肿胀等症状也有一定改善作用。由于复方玄驹胶囊是中成药物，药物中所含有的中药材通常不会对身体造成副作用，所以在医生的指导下应用复方玄驹胶囊一般没有副作用。但是药物不可以长期吃，如果患者长期服用，可能会导致患者出现恶心、呕吐、胃胀、腹痛、腹泻等不良症状，如果患者在服用复方玄驹胶囊时出现不适症状，应立即停药，并前往医院就诊。
患者在用药期间不可同时服用其他滋补药物，以免发生药物相互作用，服用药物时要避免食用过于油腻、辛辣的食物，以免增加胃肠道负担，导致患者出现其他不适症状。