按摩命门有补肾益精、固本培元的功效作用，主要可用于缓解肾虚所致的腰痛、脊背僵硬、遗尿、尿频、泄泻、遗精、阳痿、早泄、赤白带下、头晕耳鸣等病症，以及癫痫、下肢肌肉无力等各种因过劳导致的身体虚损疾病。
命门是督脉上的穴位，位于人体后正中线上，第2腰椎棘突下凹陷中。患者按摩时取正坐或俯卧位，取一根线在肚脐水平线上绕腰腹一周，这条线与后正中线的交点按压有凹陷处，即为此穴。在临床治疗中，命门穴常配伍其他穴位一同按摩，以加强功效和作用，对于肾阳虚引起的老年人小便多、夜间频繁起夜等情况，由于督脉主一身之阳气，可用命门配合肾俞穴，以刺激肾经和督脉，有补肾阳的功效。
治疗肾虚引起的男性阳痿，可配伍肾俞、气海、然谷等穴位，能补肾益精、固本培元。治疗女性体虚出现的经常性流产(习惯性流产)，可配伍肾俞、中极、交信、然谷等穴位一同按摩，也有固本培元的功效作用。
命门穴的按摩手法可选择一指禅推法，即拇指正常伸直，其余四指自然屈曲，以拇指指腹着力于治疗部位，前后摆动，持续作用于治疗部位。但需注意，按摩只能前往正规医院中医科或针灸推拿科，在专业医生操作下进 行，以免自行操作不当，引起不适。