脚趾甲两侧有脏东西需要及时到医院进行检查，然后可以使用温水泡脚、药物治疗或物理治疗等方式进行改善，具体还要依据原因来决定。
1、温水泡脚：脚趾甲两侧有脏东西，可能是由于平时不注重局部的清洁卫生，比如不经常洗脚或者是不注重趾甲的修剪，会导致局部出现污垢，一般可以使用温水泡脚的方式进行改善，能够将污垢清洗掉，同时还要注重趾甲的正常修剪，避免过长或过短。建议平时需要做好个人脚部的清洁卫生，尽量穿透气的鞋子与袜子；
2、药物治疗：脚趾甲两侧有脏东西也可能是由于灰指甲的原因引起，导致趾甲出现颜色的改变，如变黑，并伴随趾甲的增厚粗糙，从而显得趾甲两侧比较脏，可以局部使用阿莫罗芬搽剂，同时也可以结合口服伊曲康唑或氟康唑药物进行治疗，可起到抗真菌效果；
3、物理治疗：对于灰指甲引起的症状也可以使用物理疗法进行改善，比如激光治疗，能够将趾甲部位的病原菌消灭，同时又不会损伤到正常的组织，也可以结合离子导入的方式，能够促进药物渗入，提高治疗效果。