维生素B12在饭后半个小时到一个小时期间服用效果较好。维生素B12在肠道内停留的时间比较长，一般需要三个小时左右才能完全吸收。在饭后服用维生素B12，食物可以较好的减慢维生素B12在肠道内部的吸收速度，药物可以更好的被吸收。
维生素B12的水溶性比较强，如果在空腹的情况下服用，药物到达肠道后，血药浓度会升高，身体还没有充分利用，可能跟随尿液排到体外。如果在饭前服用维生素B12，在肠道内停留的时间比较短，吸收的比例也比较低，容易降低效果。部分人空腹服用维生素B12，还有可能会导致胃肠道功能不适症状，如肠道功能比较差的人群，可能会出现烧心、恶心、呕吐以及腹胀等症状。
此外，如果缺乏维生素B12，除补充维生素B12药物，还可以多进食富含维生素B12的食物，如猪肉、牛肉等。而对于维生素B12过敏的人群不能擅自用药，儿童、老年人、孕妇以及哺乳期的女性，需要在医生的指导下用药。癌症患者不能连续服用维生素B12，避免促进恶性肿瘤生长。