治疗胃肠植物神经紊乱可以吃抑酸药、促胃肠动力药、止泻药、胃肠道菌群调节药、营养神经药等，上述药物均须在医生的指导下明确用药方法，切勿自行盲目服用。
1、抑酸药：例如奥美拉唑肠溶胶囊，该药的主要成分是奥美拉唑，可以抑制胃酸分泌，减少胃酸对胃肠黏膜的刺激，从而缓解胃肠植物神经紊乱引起的腹痛、腹胀等不适症状；
2、促胃肠动力药：例如多潘立酮片，该药的主要成分是多潘立酮，可以促进胃肠蠕动，使胃肠及时排空，从而缓解胃肠植物神经紊乱引起的消化不良、腹胀等症状；
3、止泻药：如蒙脱石散，该药物的主要成分是蒙脱石，可以抑制细菌繁殖，对消化道黏膜具有较强的覆盖能力，能够修复、提高黏膜屏障对攻击因子的防御功能，从而缓解胃肠植物神经紊乱引起的腹泻症状；
4、胃肠道菌群调节药：如双歧杆菌四联活菌片，该药物可直接补充人体正常生理细菌，在胃肠道形成生物屏障，抑制胃肠道中某些致病菌，调整胃肠道菌群平衡，促进胃肠道蠕动，缓解胃肠植物神经紊乱引起的便秘或腹泻、腹痛等症状；
5、营养神经药：如谷维素片，该药物的主要成分为谷维素，可 作用于脑部自主神经系统，通过调节自主神经功能、营养神经，纠正机体代谢、内分泌等障碍，缓解胃肠植物神经紊乱引起的胃痛症状。