一般情况下，甲硝唑的使用说明中并没有18岁以下禁用的规定，但要求儿童慎用。一般12岁以下的孩子属于儿童范畴，因此12岁以下儿童应慎用甲硝唑，以免引发呕吐、恶心等消化道症状。但如果因病情需要使用，则建议谨遵医嘱用药。
甲硝唑属于硝基咪唑类抗细菌药物，与其他抗生素作用不同，主要用于抗寄生虫以及厌氧细菌感染，如滴虫、阿米巴原虫、小袋虫、麦地那龙线虫等的治疗。因此，儿童患以上病原体引起的疾病时，可以遵医嘱应用甲硝唑进行治疗。
儿童应用甲硝唑，应掌握疾病合适的用药指征，如新生儿中，肠炎、阑尾炎等应用甲硝唑可以有效治疗厌氧菌感染。如果存在严重肠道感染，还可以选用抗生素和甲硝唑联合用药，治疗效果更为理想。此外，如果儿童出现牙齿痛，一般考虑为口腔厌氧菌感染，也可以遵医嘱应用甲硝唑改善症状，但不可自行使用药物或更改药物使用剂量，以免出现胃肠道不适症状。