益生菌是对肠道有益的活性微生物，而酸奶中一般会富含益生菌。日常生活中饮用酸奶，酸奶中的肠道益生菌经过消化系统后，会有部分益生菌能够到达肠道，可补充肠道益生菌。
酸奶中常添加各种益生菌，经过胃才能到达肠道，但是胃里有大量的胃酸，所以有部分会在胃酸的作用下破坏，到达肠道的数量就有所衰减。
人体的肠道存在着多种益生菌，包括双歧杆菌、乳酸菌等。这些益生菌参与肠道内食物残渣的分解、消化，以及多种维生素的合成，可保持人体肠道环境的平衡稳定，也是大便中重要的成分。如果肠道的益生菌失调，可能会出现多种不适的症状，如长期应用大剂量的抗生素，药物作用会将肠道益生菌群杀死、破坏，或者不洁的饮食易摄入致病菌，也可以打破肠道菌群的平衡，还有老年人会随着年龄增长，肠道菌群会自然衰减。如果肠道菌群失衡以后，患者会出现腹痛、腹胀、腹泻、便秘等消化道不适症状。可通过喝酸奶等辅助增加肠道益生菌，促进肠道蠕动，改善排便情况，同时也可以抵抗有害的肠道菌群，保护肠道。
肠道菌群失衡以后单纯饮用酸奶，只能起到调节肠道菌群的辅助作用，可能无法达到 临床治疗效果。需通过药物补充治疗，药物常有外壳，或被制成胶囊成分，可以保护益生菌抵抗胃酸的破坏，使益生菌到达肠道，进而发挥作用。