先天性第五六脑室是由于发育异常导致。通常对人体无较大影响，临床实际意义较小，可以从第五脑室和第六脑室进行分析。
1、第五脑室：常称为透明膈间腔，发生在脑部两侧的透明膜膈之间，是一种生理变异，一般是胎儿在母亲体内四个月时出现，正常情况下胎儿在出生两个月的时候便会自动关闭，有少数人不能自动关闭产生第五脑室，一般对人体生长生理活动无影响，无特殊不适症状，通常不需要进行特殊处理；
2、第六脑室：是海马体联合不全导致。第六脑室在第五脑室向后的延伸，第六脑室和第五脑室是同时出现的，属于生理变异，对人体正常生理活动无影响，且无特殊症状，一般无需进行特殊治疗。
如果对机体没有较大影响，通常不需要进行治疗，无需过于担心。但是先天性第五六脑室如果有压迫症状，表现为对脑室对室间孔的压迫，或者合并其他疾病影响脑部发育，产生癫痫、呕吐、头痛等症状，需要就诊处理。
日常要保持身心愉悦，养成规律生活的习惯，避免出现较大压力，促使机体保持健康。