避孕药72小时内有效通常是指紧急避孕药，其原因与妊娠的生理过程相关。通常情况下，成熟卵泡排卵后，在发生受精的情况下，受精卵移动到子宫内膜组织需要4-5天，在此时间段内，受精卵组织也开始着床。而紧急避孕药是通过抑制排卵和阻止受精卵着床，以及使体内孕激素水平上升，使子宫颈黏液增稠，精子不易穿透，从而达到阻止女性妊娠的效果。
当女性在同房72小时后应用紧急避孕药，此时受精卵可能已经到达宫腔组织，并已经开始或者成功着床，无法发挥药物的避孕效果。此外，紧急避孕药是通过口服的方式发挥作用，经过胃肠吸收入血产生作用，也需要一定时间。该药物的使用说明也明确规定在同房后72小时内使用，因此在同房后72小时内应用紧急避孕药才具有避孕作用。
对于部分已经超过72小时的女性，需要及时门诊就诊，可以咨询是否适合宫内节育器紧急避孕处理，通常宫内节育器紧急避孕治疗需要在5天内使用。建议在同房前就做好避孕措施，减少紧急避孕药的使用。