羟氯喹原来作为抗疟疾药物，后来经过研究证实，对自身免疫疾病有较强的疗效。并不是保胎必须要吃羟氯喹，而是具有自身免疫疾病的孕妇更容易发生流产，治疗自身免疫疾病的药物包括羟氯喹，在孕早期、中期进行服用，能有效避免自身免疫疾病的发生，以保证胎儿不流产。
羟氯喹适用合并有自身免疫疾病的孕妇，没有保胎作用，是为了治疗自身免疫疾病。适用于比如抗磷脂综合征、系统性红斑狼疮、风湿性关节炎等自身免疫疾病，导致的反复流产、不良孕产史、多次胎停育、刮宫史等孕妇群体。因为合并有上述自身免疫疾病，医生通常会在患者本次的怀孕过程中，建议患者口服羟氯喹去对抗自身免疫性疾病，能够有效避免流产。如果不吃羟氯喹，自身免疫疾病可能会通过抗体对胎盘进行攻击，导致胎儿的心脏出现异常，比如中毒、房早、房室传导阻滞等。在患有干燥综合征，特别是抗SSA或抗AAB抗体阳性的部分患者，尽早用羟氯喹，能有效预防胎儿先天性房室传导阻滞异常情况的发生。
需要注意虽然在孕期可以使用羟氯喹，一般12周以上的使用毫无争议，但在12周之内是否需要吃羟氯喹，是否对胎儿有一定的影响，处于有争议的范畴。另外， 羟氯喹有一定蓄积作用，易在视网膜的色素上皮细胞积聚，引起视网膜变性，必须要在专业医师指导下使用。在服药半年左右的时候，应当到医院进行检查眼底。