临床上还未发现做完鼻咽镜有后遗症，但做鼻咽镜检查时或检查后，受个人情况以及操作影响，可能会出现不适症状，常见的有药物反应与异物刺激。
1、药物反应：由于鼻咽镜需要经过鼻腔，如果存在鼻腔结构异常，如鼻中隔偏曲、鼻甲肥厚，或是鼻腔有异常肿物，妨碍了鼻咽镜的进入，此时可能需要用表面麻醉剂或黏膜收缩剂，使鼻咽镜能顺利通过鼻腔。如果皮肤比较敏感，或对药物过敏，做完鼻咽镜后可能会出现鼻腔感觉迟钝、发麻等不适，一般不适感持续时间比较短，短时间内不适症状会逐渐消失；
2、异物刺激：如果存在鼻腔黏膜异常增生、鼻中隔偏曲等病变，或使用黏膜收缩剂效果不理想，在鼻咽镜进入鼻腔查看鼻咽部时，可能会碰到鼻中隔或鼻甲。此时由于异物刺激，可能会出现鼻子堵塞感、流鼻涕、呕吐等症状，一般检查结束后会逐渐恢复。
建议在做鼻咽镜之前不要吃太多食物，以免检查时出现恶心、呕吐等不适感。检查时尽量保持放松的状态，避免因过于紧张而影响医生操作。