人体淋巴系统非常丰富，扁桃体只是其中一处，切除后通常不会出现明显危害。扁桃体摘除术通常需要存在手术指征，比如扁桃体疾患，包括急性扁桃体炎、扁桃体周围脓肿，以及由于慢性扁桃体炎导致邻近器官疾患，例如急性鼻炎、咽喉炎、中耳炎等。小孩切除扁桃体后通常不会出现明显危害，但在进行扁桃体摘除后的短时间内，可能存在部分并发症，导致不良后果出现，常见的有出血、感染、创面瘢痕、放射性耳痛等。
1、出血：多由于扁桃体局部黏膜渗出导致出血，如果出血量较大，出现口吐鲜血的情况，需及时告知医生，并进行压迫止血；
2、感染：进行扁桃体摘除术后，若术腔出现创面感染，导致发热、咽痛加剧等情况，检查时可发现创面存在黄色伪膜，通常需要遵医嘱进行静脉或口服给予抗生素进行治疗，比如头孢地尼、阿奇霉素等；
3、创面瘢痕：如果小孩在扁桃体摘除术后，创面出现瘢痕增生或者瘢痕形成过多，可导致咽部异物感，或者短时间内说话含糊不清，此时需多加练习，通常瘢痕逐渐软化后可恢复正常；
4、放射性耳痛：由于扁桃体深部与咽鼓管相连，进行扁桃体摘除术后，疼痛可通过咽鼓管放射 至中耳，因此少数小孩会出现放射性耳痛，通常随时间的推移以及术后创面的恢复，放射性耳痛会逐渐消失。
另外部分小孩在术后可能短时间内出现口干症状，随时间推移，口干症状可逐步缓解。扁桃体摘除术后第二天小孩可少量进食冰淇淋，多喝水，避免大声讲话，有利于病情恢复。