耳洞消毒可以用酒精，也可以用碘伏，具体可根据个人情况进行选择，临床并没有强制性规定，二者均具有消毒作用，并没有太大差异性。
临床常用于皮肤消毒的酒精是浓度为75%的酒精，其主要可以杀死细菌，用于皮肤黏膜完整部位的消毒，在打耳洞后为避免细菌感染等，可以涂抹酒精来进行消毒，也可以起到预防感染的作用。
碘伏主要用于消毒黏膜，如口腔黏膜、会阴黏膜、创伤伤口表面等，在打耳洞后也可以使用碘伏来消毒，也可以有效杀死局部细菌、寄生虫等，碘伏与酒精的消毒作用均比较好。
但是需要注意，部分人可能对酒精过敏，此时应避免使用酒精消毒。另外，酒精刺激性相对较大，部分人使用酒精消毒可能会导致局部出现疼痛、红肿、瘙痒等异常症状，此时可更换使用碘伏消毒，具体使用酒精还是碘伏消毒，可以根据个人情况选择。
此外应注意，耳洞部位除积极消毒外，也要保证局部清洁干燥，尤其刚打耳洞后避免局部沾水，以免引起感染，导致局部出现红肿、疼痛等不适。