16岁男孩手淫对身体的影响通常和手淫频率有关，偶尔手淫，如1个月手淫1-2次，通常对身体影响不大。但频繁手淫可能会影响机体的生长发育，还可能增加尿路感染、前列腺炎发生的概率，还可能会引起性功能障碍。
一、偶尔手淫：
如果16岁男孩偶尔手淫，如1个月手淫1-2次，通常符合正常生理需求，对身体健康影响不大。16岁男孩正处于青春期发育阶段，正常的生理需求可以理解，家长可适当引导正确的生理观念，但部分男孩存在手淫上瘾的情况，因此要尽量避免手淫。
二、频繁手淫：
1、生长发育：16岁处于青春期发育阶段，如果16岁男孩频繁手淫，可加重生殖器官的负担，影响生殖器官的发育，也容易导致体内营养物质流失。手淫后还可能影响精神，导致精神不集中、学习成绩下滑等，这些因素可进一步影响体内激素的分泌，从而影响身体正常的生长发育；
2、尿路感染：如果16岁男孩频繁手淫，并且没有注意尿道口的卫生，病原微生物容易通过尿道口逆行进入膀胱，手淫次数多后更容易引起尿路感染，表现为尿频、尿急、尿痛，还可引起小腹疼痛；
3、前列腺炎：手淫时前列腺的腺管通常处于开放的状态，细菌也容易逆行进入前列腺，16岁男孩频繁手淫容易增加前列腺炎发生的概率，罹患前列腺炎后可表现为会阴部疼痛、尿急、尿痛等；
4、性功能障碍：16岁男孩频繁手淫会导致龟头的敏感性降低，还可影响体内性激素的分泌，容易导致性欲减退、勃起硬度减弱，严重者会影响到成年后的正常同房。
16岁男孩要尽量戒掉手淫习惯，并且保持规律的生活作息习惯，适当进行运动锻炼，有利于自身健康以及生长发育，平时也要多喝水，勤排尿。