枯草二联杆菌是益生菌制剂，其药物剂型有很多，如枯草杆菌二联活菌颗粒、枯草杆菌二联活菌肠溶胶囊等，主要应用于肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、腹胀、消化不良等症状，一般连续吃2周即可，如果是比较严重的肠道疾病，服用周期可能是几个月。
益生菌进入人体的肠道内，通过其生长以及各种代谢作用促进肠内菌群的正常化，抑制肠内腐败物质的产生，保证肠道机能的正常运行。益生菌虽然能够调节肠道菌群，调整肠道的微生态失调，防治腹泻、便秘等症状。但是并不建议长时间服用，在应用适当疗程后腹泻、便秘等症状可改善，可逐渐减量停药，一般连续吃2周即可。部分疾病不是单纯的腹泻、便秘、腹胀类疾病，是比较严重的肠道疾病，如溃疡性结肠炎等，一般建议益生菌补充的时间要延长，部分患者需要连续服用几个月益生菌，甚至更长时间，与肠道溃疡经常反复，不能完全痊愈有关。因为肠道始终处于血气失调的状态，补充益生菌对疾病的恢复有改善作用，建议交替补充不同种类的益生菌，而不是单纯服用一种益生菌，有助于改善肠道的菌群失调，利于病情的恢复。
此外，便秘的患者要注意调整饮食，可以吃富 含纤维素的食物，如火龙果、芹菜、韭菜、麦片等，并注意补充水分，有助于促进排泄。腹泻的患者也要注意调整饮食，减少辛辣、刺激、寒凉食物的摄入，有利于改善腹泻的程度。