男性先天性发育不良一般可以治疗，可以根据患者自身的实际情况采取不同的方法进行检查治疗，治疗的效果因人而异。一般对这种病症可以先采用药物治疗的方法，在药物治疗效果不明显时，可以进一步选择手术的方法来进行矫正。
1、药物治疗：如果是因营养不良导致的男性先天性发育不良，引起性功能低下，可以采取药物治疗的方法，在医生指导下使用注射用重组人生长激素、睾丸片、十一酸睾酮软胶囊等药物，可以提高血液性激素水平，促进男性性器官的发育；
2、手术治疗：如果是由于遗传因素导致男性先天性发育不良，引起性器官外形结构的异常，比如阴茎短小等，可以通过手术治疗的方式进行改善，如在医生帮助下进行包皮环切术、阴茎假体植入术或者阴茎再造手术等。术后患者应注意感染，保持会阴部的清洁卫生。
对于男性先天性发育不良的患者，应及时前往医院的男科或泌尿外科进行激素六项测试、彩超检查等项目，以明确病情变化。同时在平时生活中饮食上应注意多吃补肾的食物，比如动物的肾脏、海鲜、鱼类等，同时应该加强锻炼，以提高身体素质。