临床上并不存在三岁宝宝便秘吃什么益生菌好的说法，因为每个宝宝的情况有所不同，所以建议在医生的指导下选择合适的益生菌，不要盲目自行给宝宝吃益生菌，以免使宝宝原有的肠道菌群出现紊乱。缓解宝宝便秘的益生菌较多，比如枯草杆菌二联活菌颗粒、双歧杆菌活菌散等。
枯草杆菌二联活菌颗粒主要成分是活菌冻干粉，还含有维生素、乳酸钙、氧化锌等。双歧杆菌活菌散主要是双歧杆菌经培养收集菌体，冷冻干燥成菌粉与辅料混合制成。这些益生菌可以调节肠道内的菌群，增加肠道蠕动，减少肠道内有害菌群的异常发酵，从而改善便秘。
在使用益生菌的同时，还可以在早晚为宝宝按摩腹部，有利于促进粪便排出。对于比较严重的便秘，可以暂时应用开塞露促进粪便排出。日常生活中，需要注意为宝宝调整饮食，多摄入含膳食纤维丰富的蔬菜和水果；适当让宝宝多运动，增加胃肠蠕动，均有助于缓解便秘。