抗幽门螺杆菌治疗的疗程是2周，即14天。幽门螺杆菌吃完药14天，结束服药后建议进行复查，判断幽门螺杆菌是否已清除。复查的时间需注意是治疗结束后开始算，1个月后再复查，不是治疗结束后马上复查，以免影响检查结果。
临床上首选的复查幽门螺杆菌的方法为碳呼气试验，包括碳13呼气试验和碳14呼气试验。在进行复查前应注意碳呼气试验需要空腹，呼一口气即可，一般30分钟出结果。由于碳呼气试验敏感性和特异性比较高，且无创，是幽门螺杆菌复查的首选方法。此外，复查幽门螺杆菌的方法还有很多，包括有创的检测方法，患者可在进行胃镜检查时通过获取胃黏膜进行化验，可以做快速尿素酶试验或者可进行幽门螺杆菌染色、幽门螺杆菌培养等。这些方法会对胃黏膜造成一定创伤，且检测的结果只能反映局部的胃黏膜情况，所以有一定局限性。
复查的结果若为幽门螺杆菌阴性，提示幽门螺杆菌已清除，治疗成功。如果结果是幽门螺杆菌仍是阳性，需要医生结合实际情况进行分析，有可能需要更换抗菌药物重新治疗。