粪肠球菌感染之后，临床中常规会首选青霉素类的药物，当治疗效果不理想时，可以配合氨基糖苷类抗生素进行治疗。粪肠球菌属于革兰染色阳性球菌，由于粪肠球菌细胞壁比较厚，可耐受多种抗生素。
目前的药敏试验，多数显示粪肠球菌对青霉素类抗菌药物最为敏感，常用的包括青霉素、氨苄西林、苯唑西林、阿莫西林、阿莫西林克拉维酸钾等。氨基糖苷类药物包括庆大霉素、妥布霉素和卡那霉素等。
在服用上述药物之前，建议患者去正规医院的消化内科，进行化验检查，再积极用药治疗，不能自行盲目用药。粪肠球菌是一种比较常见的致病菌，有比较普遍的耐药性，通过一种抗生素治疗，通常效果不理想。因此在治疗时，需要先进行药敏试验，明确何种抗生素更敏感，然后根据药敏试验结果选用合适的抗菌药物。
此外，由于抗生素的应用会导致肠道菌群失衡，因此建议在应用此类药物的同时，还要补充肠道的益生菌。此外，服用过程中可能会出现食欲缺乏、恶心、消化不良等消化道症状，建议根据患者情况，并在医生指导下适当选用帮助消化以及保护胃黏膜的药物，如奥美拉唑等。