通常情况下，克林霉素甲硝唑搽剂对真菌没有用，主要可以抑制痤疮丙酸杆菌。但患者需要在医生指导下使用，不得擅自用药，以免造成不必要的伤害。
克林霉素甲硝唑搽剂主要由盐酸克林霉素和甲硝唑成分组成，属于外用药物，其中克林霉素主要可以抑制革兰氏阳性菌，甲硝唑能抑制厌氧菌，而克林霉素甲硝唑搽剂对痤疮丙酸杆菌有良好的抑制作用，可以减少表皮脂肪酸生成，辅助治疗痤疮、毛囊炎和脂溢性皮炎等疾病。但由于药物成分均对细菌有用，而对真菌并无作用，所以若机体出现真菌感染，如足癣、手癣等疾病，不能盲目使用克林霉素甲硝唑搽剂治疗，以免药不对症，进而延误疾病恢复。
真菌感染的患者可以在医生指导给予复方酮康唑软膏、联苯苄唑乳膏等药物进行局部涂抹，必要时也可以选择口服真菌药物治疗，如伊曲康唑胶囊、盐酸特比萘芬片等，一般可以缓解。