碱性磷酸酶广泛分布于人体的骨骼、肝脏、胎盘等组织，主要是由肝脏所分泌的同工酶，所以它的检查结果通常在升高时有一定指导意义，可以用于检查相对应的器官疾病，比如肝脏疾病、胆道系统疾病、骨骼疾病等。
1、肝脏疾病：碱性磷酸酶经肝脏向胆外排出的一种酶，所以肝脏疾病会影响其分泌，比如肝癌、肝硬化、肝炎等，出现这些肝脏疾病时，会导致碱性磷酸酶升高，从而在进行生化检查时可检测出，故可以用于诊断这类疾病；
2、胆道系统疾病：如可以用于检查胆道结石、胆管癌、胆道癌等，这些疾病也会导致分泌出的碱性磷酸酶不能及时排出体外，所以血液检查时也可以表现为数值升高，可用于指导初步诊断；
3、骨骼疾病：如可以诊断骨恶性肿瘤、佝偻病、软骨病等，因为碱性磷酸酶不是单一的酶，而是一组同工酶，骨骼疾病分泌的AKP3(一种碱性磷酸酶类型)也会影响碱性磷酸酶水平。所以出现骨骼这些疾病时，数值也会引起升高，可用于帮助诊断疾病。
除上述情况外，对于肠道疾病、甲状旁腺疾病等的诊断，检测此酶水平数值也有一定指导作用，因为这类疾病也可导致其数值升高。但是需要注意，碱性磷酸酶也会出现生理性升高，比如儿童骨骼发育、怀孕期间，或者是食用了一些含脂肪较高的食物等。患者出现碱性磷酸酶升高时，需要根据有无临床症状，以及结合其他的辅助检查综合诊断，如果是生理性的可以不需要特殊处理。如果是病理性改变，需要遵医嘱规范化治疗，以免延误病情。