通常情况下，慢性糜烂性胃窦炎患者遵医嘱吃抑制胃酸分泌的药比较好，也可以吃胃黏膜保护剂、促胃动力药，还可吃抗幽门螺杆菌的药进行治疗。
1、抑制胃酸分泌的药：慢性糜烂性胃窦炎通常是胃黏膜长时间受到刺激所致，通常可遵医嘱吃抑制胃酸分泌的药，如奥美拉唑肠溶胶囊或雷贝拉唑钠肠溶片等，能够减少胃酸分泌，从而减少对胃黏膜的刺激；
2、胃黏膜保护剂：慢性糜烂性胃窦炎患者的胃黏膜可能会受损，因此可遵医嘱吃胃黏膜保护剂进行治疗，如铝碳酸镁片或瑞巴派特片等，可帮助保护胃黏膜，还可促进胃黏膜修复；
3、促胃动力药：多数患者在患上慢性糜烂性胃窦炎后，可能会影响胃肠蠕动功能，从而导致胃胀或胃排空不好，通常可遵医嘱吃促胃动力药进行治疗，如枸橼酸莫沙必利片等，也可吃复方消化酶胶囊进行治疗；
4、抗幽门螺杆菌的药：如果存在幽门螺杆菌感染，则需要遵医嘱吃抗幽门螺杆菌的药进行治疗，如抑制胃酸药物和保护胃黏膜药物，再加两种抗生素，常用的药物包括奥美拉唑胶囊、铝碳酸镁片、甲硝唑片、阿莫西林胶囊等。