临床上，肾结核的症状较为复杂，不仅只有3种。当结核杆菌侵入肾脏，首先在双肾皮质毛细血管形成病灶，但不产生临床症状，多数病灶由于机体抵抗力的增强而痊愈。但若侵入肾脏的结核杆菌数量多、毒力强、机体抵抗力低下，病变将进一步侵入肾小管，抵达肾髓质、肾乳头、肾盏、肾孟，从而产生相应的局部症状、全身症状等。在病变晚期，会引起较为严重的并发症。因此建议肾结核的患者及时入院进行针对性的治疗，避免病情加重或造成传染。
1、局部症状：是指肾脏局部病变导致的症状，由于结核杆菌大量增殖，导致输尿管阻塞，造成腰痛的症状，结核杆菌分泌的毒素会对肾组织产生破坏，形成空洞，进一步使肾功能下降。通常有尿频、尿急、尿痛等尿道刺激症表现，还可能由于肾单位受损，尿液中出现大量脓细胞及白细胞管型；
2、全身症状：机体结核感染，使免疫系统过度激活，导致炎症介质大量产生，使体温调定点上移，出现发热、寒战的症状。由于结核感染，导致机体能量消耗过多，出现消瘦、乏力的症状。部分肾结核患者，可能会伴随高血压；
3、其他症状：双侧病变晚期，可影响肾功能而出现尿毒症症状， 如恶心、腹泻、消瘦、面色晦暗、意识障碍等。由于结核杆菌的原发病灶，或肾结核进行播散，会导致其它部位发生相应病变，肺结核通常会出现气短、咯血的症状，肠结核会出现便秘、消化不良、肠梗阻等症状。