在临床上，酸性乳糖酶和普通乳糖酶的主要区别在于两种乳糖酶的pH值不同，其服用方法不同，代谢速度也不同，因此在临床中的选用情况也有所不同。
1、pH值不同：酸性乳糖酶的pH值一般大概在5以下，所以其属于酸性，而普通乳糖酶的pH值一般在7左右，其属于中性；
2、服用不同：酸性乳糖酶因属于酸性，所以可以耐胃酸环境，可以直接服用，而普通乳糖酶属于中性，不耐胃酸环境，服用后会影响效果，所以一般需要在体外分解一段时间才能服用；
3、代谢速度不同：酸性乳糖酶可以在人体的胃中直接分解乳糖，而普通乳糖酶因pH值接近中性，不耐胃酸，需要在体外分解一段时间才能服用，所以酸性乳糖酶相对于普通乳糖酶来说，其代谢速度会较快。
因此，如果患者对乳糖不耐受，一般建议遵医嘱选择酸性乳糖酶，可以用于缓解各种消化不良以及腹泻等。