发烧头疼需要结合伴随症状等判断去哪一个科室，比如可以去感染内科、呼吸内科或神经内科等科室就诊，并完善相关检查，以明确导致发烧头疼的具体原因。
1、感染内科：发烧的常见原因是感染，包括病毒感染、细菌感染、支原体感染等，发烧会导致脑血管扩张，继而可能会引起头疼的症状，因此，发烧头疼可以挂感染内科；
2、呼吸内科：如果发烧、头疼伴有流清鼻涕、打喷嚏、咽痛、咳嗽、肌肉酸痛等呼吸道症状，可能是感冒、肺炎等呼吸系统疾病导致，此时发烧头疼建议挂呼吸内科；
3、神经内科：发烧头疼如伴有恶心、呕吐，甚至伴有意识障碍、行为改变、肢体瘫痪等表现，需考虑脑炎可能，比如病毒性脑炎或结核性脑炎等疾病，此时发烧头疼建议挂神经内科。
发烧头疼需要结合具体伴随症状、检查等决定就诊的科室，甚至如果患者存在多个疾病，还需要多科室就诊，综合评估病情。