从解剖位置来看，肚脐上面三指的部位属于中上腹，包括胃、肠道、胰腺、脾脏等脏器，若这些脏器发生病变，胃部疾病包括急性胃炎、消化性溃疡、胃癌，肠道疾病包括炎症性肠病、小肠梗阻，同时还可能是存在胰腺疾病、脾脏疾病以及胆系疾病等，可以在体表肚脐上面三指的部位出现疼痛的症状。
一、胃部疾病
1、急性胃炎：主要表现为上腹部异常疼痛，还有恶心、呕吐、食欲不振等。多数是在创伤、手术、精神紧张等应激因素下产生，也有可能与服用药物，如非甾体类抗炎药阿司匹林等，导致胃黏膜损伤有关；
2、消化性溃疡：上腹痛为典型症状，可为钝痛、灼痛、胀痛等。多数由于胃酸、胃蛋白酶对胃黏膜的侵袭作用导致，也可能与幽门螺杆菌感染有关；
3、胃癌：部分病例早期无明显症状，仅可表现为消化不良，进展期主要表现为上腹痛和体重减轻，以及上腹部疼痛。病因不明，可能与幽门螺杆菌感染有关，也有可能与环境和饮食影响有关。
二、肠道疾病
1、炎症性肠病：患病后可能会在脐周部出现疼痛症状，还有腹泻、腹胀等典型症状。病因不明，多数与环境、遗传、肠道微生态等多种因素，导致肠道免疫系统失衡有关；
2、小肠梗阻：会出现腹部疼痛，疼痛类型为痉挛性。如果出现肠坏死，腹部疼痛剧烈，并可伴有血性腹水。
三、胰腺疾病
胰腺位于上腹中部腹膜后，胰腺的病变也可能会导致腹腔部位出现疼痛症状。胰腺疾病可能与先天异常、胰酶被异常激活等因素有关。
四、脾脏疾病
从解剖位置看，脾脏位于左季肋部深处，在胃的左侧，脾脏病变也有可能引起类似症状，引起脾脏疾病的原因有外伤、感染性疾病、先天异常等。
五、胆系疾病
常见的疾病有胆囊炎、胆结石、胆管炎等，胆系疾病所引起的胆绞痛常表现为上腹部或上腹中部疼痛，多数与胆系感染、胆盐沉积有关。
此外，肚脐上三指处的皮肤如果发生感染，也有可能造成此处的疼痛，如带状疱疹在发疹前，皮肤表面会出现带状疱疹相关性疼痛等。除此之外，还有可能是其他部位脏器的病变引起的牵涉痛、放射痛。若患者出现该症状且持续不缓解，建议到医院就诊，完善相关检查，查明病因，及时进行对症治疗，以免耽误病情。