身高基因既存在于X 上，也存在于Y上。身高是人体生长发育的一个重要的生理参数，受遗传和环境双重因素影响，但大部分因素取决于基因。
身高基因主要通过影响骨骼的生长发育而影响身高，在X和Y基因上都有，因为身高基因不是单个基因，而是较多基因。身高是多基因控制，没有明确的显性和隐性关系，但分为有效基因和无效基因。个体基因型中有效基因的多少会影响身高性状的表达，若控制身高的有效基因多通常对身高的影响就大。父母对孩子身高的影响，要看他们贡献的有效基因的多少，而不是简单地看他们自身的身高。
此外身高主要是遗传、饮食和环境综合因素决定，虽然孩子的身高大致受父母的基因影响，但后天的生活习惯、运动习惯，以及饮食习惯也会在一定程度上对身高造成影响。如在婴幼儿时期的营养能够比较充足，身高也会受到较大的影响，因为营养物质特别是蛋白质，有助于全身各组织器官的生长发育，特别是骨骼和骨骼软骨的生长发育。所以家长不能只关注基因问题，而忽略孩子平时的饮食问题，平时注意合理饮食，比如多吃蔬菜水果，摄入鱼、禽、肉、蛋、奶等，保证足够的热量、蛋白质、维生素等 营养物质。孩子还应养成不挑食的习惯，每日运动锻炼。