对于月经周期规律的健康女性而言，一般在停经35天左右就可以看到孕囊。因此如果停经39天看不到孕囊，考虑是异常情况，可能存在受精卵着床较迟、异位妊娠、生化妊娠的原因。
1、受精卵着床较迟：通常精子和卵子在输卵管内结合形成受精卵，一周之内会回到宫腔生长发育。但个别女性会出现受精卵着床较迟的现象，这可能与排卵延迟有关，也会导致停经39天看不到孕囊的情况。此时需要通过彩超、HCG检测及孕酮严密随访和复查来明确诊断；
2、异位妊娠：如果受精卵没有顺利回到宫腔，而是在输卵管里着床发育，此时做彩超无法看到宫腔里存在孕囊，可在一侧附件区出现包块。如果存在异位妊娠情况可使用米非司酮片、甲氨蝶呤等药物进行治疗，也可以行腹腔镜手术治疗；
3、生化妊娠：精子和卵子在输卵管内结合以后形成受精卵，但是因为女性激素水平、免疫因素、凝血因素等因素影响，导致受精卵在回到宫腔之前就已经死亡。这种情况做彩超时宫内、宫外都找不到孕囊，是自然流产的一种表现。
总之，通常正常妊娠情况下，停经39天可以在宫腔内看到孕囊，如果未见到孕囊，需要通过阴道超声、化验血清HCG和孕 酮来综合判断。必要时需要重复检查，防止出现异位妊娠等情况，从而危及健康。