病原体DNA测定，是指对标本中某致病微生物的遗传物质DNA，即病原微生物核酸进行检测的一种方法。如果病原体DNA测定为阳性，就能证明标本中存在病原体，是临床用于各种感染性疾病诊断的一种新技术。
一、检测类型：
1、定性检测：通常是使用斑点杂交技术进行检测，结果只有阴性和阳性两种情况；
2、定量检测：通常采用荧光定量PCR方法，这是对标本中某致病微生物的核酸进行检测的一种实验技术，可以检测出病毒量的多少，能反映标本中病原体复制的情况。
二、临床应用：
1、病毒：如可以用于病毒感染性疾病的诊断，如乙肝，通过检测病毒量进行分析，如果病毒量越高，说明血液中病毒复制越活跃。如果患者同时有转氨酶升高，则证实有乙肝病毒活动，需要进行抗病毒治疗。通过抗病毒治疗，病毒的DNA量可以下降，甚至阴转，病原体DNA的测定也是临床用于判断治疗疗效的指标；
2、细菌：可以通过检测细菌病原体DNA的量帮助诊断，如结核诊断，通常将痰找结核杆菌作为肺结核的诊断金标准，但是痰检测或者培养结核杆菌的阳性率较低，容易给临床诊断带来较大困难，但如果采用病原体DNA检测方法，即采用PCR方法检测结核杆菌的DNA量，其诊断的灵敏度和特异性就会明显提高；
3、寄生虫：如弓形虫，可以进行弓形虫的DNA检测，敏感性强，有助于诊断弓形虫感染，以便尽早进行规范治疗；
4、其他方面：可以通过病原体DNA测定，检测衣原体、支原体、链球菌等，针对不同情况进行及时治疗，减少传染或者怀孕后传染给胎儿的情况。
病原体DNA测定，要注意取药后及时送检，避免样本污染，以免造成检测结果出现误差等。通常建议送检时间是2小时之内，不建议在用药时采集样本。