螺杆菌一般指的是幽门螺杆菌。临床上不存在吃什么药好的说法，通常均需要根据自身情况，在医生指导下对症治疗。胃里有幽门螺杆菌，其治疗主要是使用胃三联疗法或者胃四联疗法。
胃三联疗法主要是质子泵抑制剂配合两种抗生素，临床上常见的质子泵抑制剂有奥美拉唑肠溶胶囊、泮托拉唑钠肠溶胶囊、雷贝拉唑钠肠溶胶囊等，两种抗生素主要有阿莫西林胶囊、甲硝唑片、呋喃唑酮片、克拉霉素片、盐酸左氧氟沙星胶囊等。胃四联疗法是在胃三联疗法的基础上添加铋剂，主要是枸橼酸铋钾片和胶体果胶铋胶囊。胃三联疗法属于比较经典的治疗幽门螺杆菌感染的药物，如果反复抗幽门螺杆菌不见缓解，可以使用胃四联疗法。一般治疗幽门螺杆菌需要在服药后两周，停药1个月左右，复查碳13或碳14呼气试验。
用药期间需要注意忌油腻、辛辣、生冷、过甜等类型的食物，同时尽量避免饮用浓茶、咖啡、碳酸饮料、酒等。建议抗生素饭后口服，质子泵抑制剂饭前半小时口服，一旦出现皮疹等过敏反应，需立即停药去医院就诊。