一般而言，长期服用黄瓜籽粉有一定副作用。因为黄瓜子粉当中的含钙量比较高，如果长期服用可导致补钙过量，继而可能会导致身体出现不适症状。
虽然黄瓜籽粉的好处比较多，具有较强的补钙作用，毒副作用也较小。但若是长期服用的情况下，也可能会导致体内摄入的钙过量，而不能完全被身体消化吸收，可造成浪费。而且钙过量的情况下，人体也可能会出现高钙血症的副作用，可更易患有尿路结石，不利于身体健康。因此，平时在服用黄瓜籽粉时一定要注意适量，不宜长期服用。
黄瓜籽粉具有较高的食用价值和药用价值，当中含有维生素A、维生素E及钙、磷、铁等，营养成分比较全面。尤其是其中的钙元素极为丰富，若平时检查发现存在缺钙的现象，则可在医生指导下服用黄瓜籽粉来补充。